Estrenada en una fecha incierta tras su muerte, Mozart escribió la Sinfonía 39, junto con la 40 y la 41, en uno de los momentos más duros de su vida. Su situación económica era muy precaria, su ópera Don Giovanni no había gustado en Viena -a pesar de que se había estrenado con gran éxito en Praga-, y, por si fuera poco, tres días después de terminar la 39 muere su hija Teresa, nacida el año anterior.
De las cuarenta y una sinfonías escritas por Wolfgang Amadeus Mozart (1756-1791), las tres últimas, las 39, 40 y 41, son las más célebres y de mayor calidad artística. No se sabe por qué Mozart se vio forzado a escribirlas en un tiempo record de seis semanas, durante el verano de 1788. Se dice que un futuro viaje a Inglaterra que nunca llegó. Puede que sintiera que moriría pronto, lo cierto es que no tenía ningún encargo que lo forzara a tal cosa.
Clasificadas en su época vienesa, las tres son verdaderas obras maestras del clasicismo formal vienés y culminan la colosal obra sinfónica de su amigo Joseph Haydn, anunciando el posterior romanticismo de los compositores centroeuropeos. Sin embargo, en su expresividad y dramatismo, nunca alcanzados hasta entonces, no existe ningún sentimiento romántico de la vida. Para Mozart la música era música, sin connotaciones vitales, ajena a fortunas, pasiones o desgracias, y por tanto a sentimentalismos. Alegría, confianza y lucidez difíciles de explicar y que precisamente hace que su música sea universal.