La rebelión contra Roma comenzó hacia el año 66. Después de algunos éxitos judíos, entre los que se incluyeron la derrota de la legión XII Fulminata, Roma envió nuevas tropas al mando de Vespasiano, quien conquistó Galilea y logró sitiar Jerusalén. Fue durante esa campaña cuando conoció a un general judío encargado de coordinar la modesta defensa del norte llamado Josefo, que, oportunamente, se rinde. Al poco tiempo, Vespasiano fue nombrado emperador y Josefo pasó a Roma donde vivió el resto de sus días tutelado por los emperadores de la dinastía Flavia, acción que ha dado origen a controversias aún no resueltas que lo sitúan entre un renegado y un patriota. Allí escribió en griego su principal obra, La Guerra de los Judíos, historia de esta primera rebelión judía contra Roma, cuyo colofón fue la ocupación -poco tiempo después de la destrucción de Jerusalén y su Templo por Tito en el verano del 70- de Herodion, Maqueronte y el último bastión de la resistencia, Masada, donde 960 miembros de un grupo radical de judíos celosos de Dios -los zelotes-, decidieron suicidarse ante el asedio final de las tropas imperiales.
Además de una guerra colonial, la guerra contra Roma fue ante todo un conflicto social entre judíos. Por un lado, los zelotes y los sicarios, sectores sociales radicalizados que rechazaban la influencia helenística y mantuvieron siempre unas tensas relaciones, a veces violentas, contra el opresor romano; por el otro, los proclives a Roma, los fariseos y los saduceos, comunidades más o menos helenizadas que controlaban el acceso al sacerdocio y, sobre todo, disfrutaban de mayor capacidad económica. En definitiva, hebreos judaizantes y judíos helenísticos que formaban una estructura social poco cohesionada y dominada, como era común en todo el mundo antiguo, por las relaciones interpersonales y el clientelismo.
En un relevante pasaje de La Guerra de los Judíos, Flavio Josefo lanza un exhorto en contra del suicidio y relata los detalles del momento en que decide entregarse a los romanos. Su actitud contrasta con la del líder de Masada, fortaleza en la que la existencia del pueblo judío, abandonado por Dios, carece de sentido, siendo la inmolación de toda la comunidad la única salida posible. Sin embargo, el suicidio es un acto que no pertenece a la tradición judía sino a la grecorromana, en cuya historiografía pueden rastrearse los antecedentes de varios supuestos suicidios colectivos, como el asedio y toma de Sagunto narrado por Tito Livio en Ab Urbe Condita o la toma de Numancia de la Historia Romana de Apiano. El hecho de que Flavio Josefo viviera en Roma en el momento de la caída de Masada y la existencia en su obra de dos mujeres supervivientes del sacrificio capaces de narrar lo acontecido en el interior, avalan aún más si cabe, la hipótesis de que el sacrificio de Masada pudiera ser una invención de Flavio Josefo para justificar su entrega a Vespasiano, la rendición de un noble judío helenizado y antizelote que no cree en la conveniencia de su resistencia.
La ciudadela inexpugnable de Masada fue redescubierta en 1835 gracias a una excavación arqueológica, pero el relato de lo que allí sucedió fue borrado de las fuentes mosaicas durante dos mil años. Paradójicamente, a Flavio Josefo se le ha considerado un historiador muy brillante pero un judío deplorable hasta tiempos muy recientes. Oportunamente, el nacimiento del Estado de Israel ha reasignado a Masada el valor como lugar de peregrinaje, sitio en el que conjurados soldados cumplen un rito anual en defensa de la tierra, para que Masada no caiga una segunda vez.