Era cura. Sus padre, español, antiguo tutor real del Baltazar-Carlos (hijo de Felipe IV) había emigrado a México en el séquito del nuevo virrey, el Marqués de Villena en 1640, año terrible para la monarquía española. Allí se casó con una pariente cercana del poeta culteranista Góngora y formaron una gran familia. El mayor de nueve hermanos, Carlos, cortesano por nacimiento, asistió al seminario jesuita en Tepotzlán y después en Puebla. Le echaron por rebelde, al parecer se enfrentó al padre superior cuando éste le reprendió tras sucesivas “fugas nocturnas” inadecuadas para un novicio. Pero continuó su carrera. Con 27 años de edad, don Carlos de Sigüenza y Góngora (1645-1700) obtuvo, por examen de oposición, las cátedras de astrología y matemáticas en la Real y Pontificia Universidad de México y, paralelamente cursó estudios de lógica y se ordenó sacerdote. Desde 1682 fue capellán del Hospital del Amor de Dios.
Carlos de Sigüenza era un enamorado de las ciencias. Entre ellas, de la astronomía. Matemático, antropólogo, geógrafo, cartógrafo, historiador, poeta, destacó por la disputa que mantuvo con el jesuita austriaco Eusebio Kino a cuenta del cometa Halley.
Entre los científicos de la época, aún los había que, aún realizando grandes avances en algunos aspectos, mezclaban religión y ciencia y ofrecían explicaciones inverosímiles y muy dañinas a la ignorante población de entonces. En 1680 cuando pasó el cometa Halley con sus tres cabezas cerca de la Tierra, la gente de entonces, en Praga, en Toledo, en Florencia, y también en Ciudad de México, tuvieron que responderse a sí mismos acerca de qué era y qué significaba aquel cuerpo celeste que invadía los cielos. Muchos científicos tomistas defendían bien que los cometas anunciaban desgracias, bien que eran en sí mismos una desgracia. Alguno de esos proto-científicos explicaba a la población atónita y aterrada que el humo que salía de la cola de los cometas se debía a los pecados de la Humanidad y que Dios nos advertía para que dejáramos de pecar.
En esas circunstancias, la obra de Sigüenza que explicaba el fenómeno y tranquilizaba al pueblo debió ser balsámica. Es uno de los primeros intentos de separar la astronomía de la astrología, que relaciona los fenómenos astronómicos con el humor y el comportamiento humano. La disputa era un conflicto interno de la propia Iglesia. Eusebio Kino, jesuita de gran prestigio, no solamente seguía defendiendo la versión supersticiosa. Además de atacar los argumentos de Sigüenza y Góngora afirmando que tenía “trabajoso el juicio” por explicar en qué consistían los cometas, le despreció por ser criollo mientras que hacía valer sus estudios en Ingoldstadt. Eso inflamó el orgullo de nuestro autor, quien respondió con una obra llamada Libra astronómica y filosófica, publicada en 1690. El título no deja de ser curioso, porque fue en la constelación Libra en la que apareció el cometa y porque el significado de “libra” es balanza, haciendo referencia a la necesidad de sopesar los argumentos antes de ser aceptados. En ese sentido, Carlos hizo una preciosa defensa de la ciencia criolla, empleando una ironía y elegancia que dejó en muy mal lugar al afamado padre Kino. Sigüenza explicaba al padre Kino que por sus escritos podía deducir que en la América criolla también había matemáticos “aunque metidos entre los carrizales y espadañas de la Mexicana laguna”. Y continuaba exponiendo los argumentos de multitud de científicos (aproximadamente trescientas autoridades entra las cuales estaban Copérnico, Galileo, Descartes, Kepler y Tycho Brahe) que sustentaban sus ideas, pero también de literatos, como Sor Juana Inés de la Cruz (su gran amiga), Juan Caramuel de Lobkowitz, o el mismísimo Francisco de Quevedo, añadiendo a su Libra los siguientes versos:
Ningún poeta es culpado
No hay signo de mala ley;
Pues para morir penado,
La envidia basta al privado
Y el cuidado sobra al rey.
Al morir, dejó todos sus libros y escritos a su querida Compañía de Jesús, a la que siempre amó y respetó, y donó su cuerpo a la medicina para que pudieran estudiar el mal que le llevó a la muerte.